Los elementos musicales que conforman la estructura de un determinado estilo musical pueden tener, y de hecho tienen, un origen distinto. Cada estilo se conforma a partir, como ya hemos apuntado, de la cristalización de elementos dispersos en el espacio y el tiempo que se concentran en un estilo una vez que éste refleja los ideales de una determinada comunidad. Así se creó el flamenco y todas las música de tradición oral.
La cristalización de un estilo determinado agrupa pues múltiples elementos musicales que lo definen como tal. Así podemos encontrar elementos musicales que son comunes a todo el género flamenco como, por ejemplo, la rítmica acéfala, es decir, la tendencia de los flamencos a dejar en silencio la primera parte del compás, que lo encontramos en soleares, seguiriyas y tangos, es pues un elemento que podemos considerar común al todo el género. Otro elemento común sería el que Manuel de Falla definió como enarmonismo como medio modulante, en referencia a las fluctuaciones no temperadas del cante que no permiten reflejarlo con fidelidad en un pentagrama donde un fa sostenido y un sol bemol aunque con distinto nombre tienen la misma altura y suenan iguales
Las técnicas de guitarra son también comunes al género, como el uso del pulgar o los rasgueos, elementos técnicos característicos del toque flamenco. Y de igual forma los bailes flamencos tienen en común múltiples elementos que los definen como tales, por ejemplo el taconeo o el movimiento de las manos. Esas técnicas y esos pasos hacen que identifiquemos como flamenco un toque o un baile determinados.
En el mismo sentido que en el apartado anterior, existen elementos musicales que forman parte de los estilos de un complejo genérico en concreto. Así, el compás de tango, por ejemplo, es común a todos los estilos de ese complejo y no forma parte de ningún otro estilo que no se incluya en él. Las excepciones las encontramos, como es natural, en estilos que aun perteneciendo a un complejo genérico comparten elementos con los propios de otro, así los tarantos, que se encuentran dentro del complejo de los fandangos, se suelen interpretar con un rítmica de tango-tiento, de ahí que en el SMF podamos observar como algunas flechas o líneas enlazan estilos de diferentes complejos, debido precisamente en que alguno de los elementos que conforman su estructura sean propios de los que forman otro complejo. Pero estos son excepcionales, y confirman la regla.
En el Sistema Musical Flamenco encontramos también cómo algunos elementos son propios de un estilo determinado y no lo comparten con otros estilos. Por ejemplo, las alegrías son, a grandes rasgos, jotas flamencas, y el aroma jotero de su melodía así como las secuencias armónicas son propias de las jotas, y no las encontramos en ningún otro estilo flamenco. De ahí que podamos considerar que ese acento jotero (melódico y armónico, ya que el métrico y rítmico responde al compás de las soleares) es propio de las alegrías, otorgando el carácter concreto de ese estilo nacido en la capital gaditana.
Y así ocurre con otros muchos elementos. Por citar otro: el estribillo, como elemento formal, no lo encontramos más que en el garrotín y en algunas rumbas, podemos considerar que el estribillo es propio de esos estilos, y en concreto el del garrotín no se comparte con ningún otro estilo y lo define como tal. De ahí que podamos afirmar que en el género flamenco los estilos tienen elementos en común, otros son propios de un grupo de estilos y algunos son incluso exclusivos de un estilo concreto.