Una de las mayores incógnitas que aún no ha podido resolver la flamencología es curiosamente el origen de la denominación flamenco referida al género musical. Las diferentes opiniones las podemos resumir en las siguientes teorías:

1. Sabemos que a principios del siglo XIX se comienza a llamar a los gitanos flamencos (¿etimología flama?), y de ahí que se llame así al género musical que ellos principalmente practican. La cuestión es entonces por qué se les llama flamencos a los gitanos. Esta teoría es la más antigua y la debemos al escritor y viajero inglés George Borrow. Apoyaba esta teoría en que se considerara en España a los gitanos como de origen germano, ya que germano y flamenco son considerados sinónimos por los ignorantes.
2. La teoría de Blas Infante plantea que el origen de tal nombre estaba en la expresión árabe felah-mengu, campesino sin tierra, en referencia a los moriscos que para evitar la expulsión huyeron a las sierras. En este sentido el padre García Barrioso apuntó que Fellah-mangu es como llaman en Marruecos a los cantos campesinos.
3. Por su parte Luis Suárez Ávila propone que el apelativo se debe a los cuchillos llamados flamencos muy comunes en Andalucía, preferentemente entre los gitanos.
4. Felipe Pedrell propuso la poco creíble teoría de Flandes, afirmando que el nombre del género se debe a aquellos cantores que acompañaron al César Carlos en su llegada a Castilla en 1522. Teoría esta seguida por Hipólito Rossy y Carlos Almendro.
5. También están los que afirman que se llaman flamencos a los artistas que, por su indumentaria, con chaqueta de talle corto, simulan, con su chaquetilla corta y pantalón ajustado y alto, las patas largas de los pájaros del mismo nombre, bastante comunes en las zonas húmedas de Andalucía. Teoría esta defendida por Francisco Rodríguez Marín en su obra “El alma de Andalucía”.
6. Máximo José Khan (seudónimo Medina Azara) opina en su obra Cante jondo y cantares sinagogales que “flamenco” proviene del nombre que recibían los cantos de los judíos españoles emigrados a los Países Bajos.
7. Además, el musicólogo Marius Scheneider propone que flamenco es el ave que en la simbología medieval se emparenta con el modo de Mi, el frigio sobre el que se realizan buena parte de las melodías flamencas.
8. Por su parte el musicólogo Manuel García Matos, en sus escritos Sobre el flamenco cree que la voz flamenco es, ya en el siglo 18, sinónimo de fanfarrón, pretencioso, arrogante. Estudios y notas, cree que la palabra “flamenco” proviene del argot del siglo XVIII y que significaba arrogante, fanfarrón y pretencioso. Recomendamos ver también el artículo de Miguel Manzano.
9. También está extendida la teoría de que flamenco proviene de flama, de llama, por el carácter fogoso que muestran los intérpretes de este género de música y baile. 

José Blas Vega y Manuel Ríos Ruiz en el Diccionario Enciclopédico Ilustrado del Flamenco resumen lo antes dicho en la voz Flamenco: “Adj. [Del neerl. Flaming, natural de Flandes. En España se aplicó a la persona de tez encarnada, por tomarse el flamenco como prototipo de los pueblos nórdicos (cast. Siglo XIII). De aquí la aplicación a la palmípeda Phoenicopterus roseus, h. 1330 (flamenque) por el color de la misma; de aquí probablemente también la aplicación a las mujeres de tez sonrosada, de donde luego gallardo, de buena presencia, y después de aspecto provocante de aire agitanado, 1870, finalmente aplicado a un conjunto de formas de expresión especialmente arraigadas en Andalucía y en concreto a un género de composiciones musicales de especiales características. El origen de esta última explicación es incierto aunque las teorías más consistentes apuntan a una continuación lógica de las significaciones que fue adquiriendo el vocablo desde su primera derivación; es decir de alguna de las circunstancias relacionadas con Flandes. Así, se llamó flamenco, en sentido elogioso, al cantaor que destacaba, por los excelentes cantores procedentes de los Países Bajos que actuaron en el siglo XVI en las capillas catedralicias españolas y luego por asociación, al propio canto; al morisco que habiéndose alistado, cuando la expulsión, en los tercios de Flandes regresaba a España con todos los honores y cuyas destacadas canciones eran conocidas como cantos de los flamencos; al gitano, a quien se suponía procedente de Alemania y el vulgo calificaba por igual a los que procedían de este país o de Flandes, o por el contraste, dentro de las características festivas y picarescas de la raza andaluza, con la tez blanca y rubia de los naturales de Flandes; a la gente del hampa que usaba un determinado cuchillo o faca de grandes dimensiones, procedente de Flandes y de ahí a la gente del cante, entroncada entonces con el mismo estamento social; a cierta categoría de cantos sinagogales que podían ser cantados por los marranos y judaizantes que habían emigrado a Flandes y no por los que permanecieron en España, donde tales cantos estaban prohibidos“.

Así y todo, no está claro al día de hoy el porqué se denominó a este género musical y bailable como flamenco.